Em 10 Agosto de 2010, o Sagrado Império da Britannia superou as forças Japonesas e conquistaram o país com seus armamentos robóticos, os Knightmare Frames, em menos de um mês. O Japão perdeu sua liberdade e direitos e passou a ser chamado de Área 11. Os cidadãos Japoneses, chamados agora de "Elevens", foram forçados a viver em comunidades, enquanto Britannians vivem em locais de primeira-classe. Os rebeldes japoneses persistiram, para mais tarde, formarem organizações japonesas para lutar contra o império e consequentemente, a independência do Japão.
Enquanto isso, houve um atentado contra a mulher e a filha do Imperador da Britannia, porém, depois de saber sobre isso, o Imperador nada fez para perseguir os terroristas. Seu filho, Lelouch Vi Britannia, é deserdado e usado como moeda de troca pelo seu pai, sendo vendido para o Japão, juntamente com sua irmã, Nunnally, então paralítica e cega. Passaram a morar na propriedade do Primeiro-Ministro, numa casa velha. Acaba conhecendo o filho do Primeiro-Ministro, Suzaku Kururugi, e a partir daí, forma-se um forte laço de amizade. 2 meses depois, Britannia invade o Japão, e o pai de Suzaku supostamente comete suicídio, e os dois acabam se separando. Lelouch e Nunnaly foram adotados pela família Ashford, onde passaram a morar na sua escola, a Academia Ashford, com o nome de Lelouch Lamperouge e Nunnally Lamperouge. A identidade de ambos foram mantidas em segredo, apenas os Ashford tiveram conhecimento. Sete anos mais tarde, ele encontra uma misteriosa garota que lhe dá um poder: Geass, o "poder do rei", que permite ao usuário dar uma ordem inquestionável. Com isso, ele finalmente tem o poder de que precisava para derrotar Britannia e cumprir seus dois objetivos: vingar a morte de sua mãe e construir um mundo onde sua adorável irmã possa viver feliz.